El problema es que el puerto serie se usa en modo exclusivo, cuando una aplicación lo tiene abierto, no deja que otra pueda acceder.No lo he probado, pero se que existen aplicaciones que lo que hacen es virtualizar un puerto serie, y lo convierten en dos, y de esa manera varias aplicaciones pueden acceder al mismo puerto de forma simultanea.
Tendrás que buscar y probar, no puedo darte mas referencias, no se lo bien o mal que funciona, si los hay de gratuitos, ...
Por empezar por algún sitio
http://www.virtualserialport.com/es/products/serialsplitter/
Si encuentras algo funcional, y gratuito ya nos contaras.